Im Jahr 1988 gründet Karl Düsterberg die gemeinnützige Stiftung mit dem Ziel Wissenschaft, Forschung, Bildung und Erziehung im Zusammenhang mit Lebensmitteln zu fördern. Ihm geht es hierbei vor allem um die Forschung auf den Gebieten der Lebensmitteltechnologie, der Ernährungswissenschaften und der Ernährungsphysiologie, sowie um die Förderung der Bildung auf den Gebieten des Lebensmittelbereiches.

Die Stiftung finanziert sich ausschließlich über Spenden. Diese werden beispielsweise eingesetzt, um junge Menschen im Rahmen ihrer Ausbildung bzw. ihres Studiums zu fördern. Außerdem setzt sich die Stiftung für Themen rund um "gute Ernährung" ein und fördert so unter anderem wissenschaftliche Forschungen und Studien im Bereich der Seniorenversorgung.

Von 2014 bis 2023 war Beate Düsterberg-Eissing, Tochter von Karl Düsterberg, Vorsitzende der Karl-Düsterberg-Stiftung. Seit Juni 2023 ist sie als Ehrenvorsitzende in der Stiftung vertreten. Zudem sind seit 2021 weitere Vertreterinnen und Vertreter der dritten Generation der Inhaberfamilie Mitglieder der Stiftung: Carmen und Alexander Eissing sowie Katharina Düsterberg sind in die Arbeit der Stiftung aufgerückt. Gemeinsam bekräftigen sie das Engagement der Familie Düsterberg für die Interessen des Stiftungsgründers. Den Vorstandsvorsitz übernimmt nun Katharina Düsterberg.